El Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada emitió la Directiva No. C-II-C-001-92, el 21 de enero de 1992, mediante la cual organizó una comisión de señores Oficiales Superiores, para desarrollar el Reglamento del “Sistema Educativo de la Fuerza Armada”. El 15 de julio de 1992, la comisión remite el Reglamento, en el cual en folio nueve, se menciona el “Nivel de Estudios Estratégicos”, que estará integrado por militares con grado de Teniente Coronel y Coronel así como civiles miembros de la Administración Pública designados por el Presidente de la República y el cual tendrá por objetivo Conocer las responsabilidades de todos los sectores nacionales en el sostenimiento y existencia del Estado y la capacitación en materias relativas a la Seguridad Nacional y Desarrollo. Por lo que, el 23 de diciembre de 1992, en el mensaje No. 19285 C-III del Sr. Jefe del EMCFA, señor General de División Gilberto Rubio Rubio, dirigido al señor Inspector General de la Fuerza Armada, señor General de Brigada, Dionisio Ismael Machuca, ordenó “comunicar a los señores: TCnel. Inf. DEM Omar Arturo Vaquerano Quintanilla y TCnel. Inf. DEM Álvaro Rivera Alemán”, que habían sido designados miembros de la Comisión que trabajaría en el Proyecto de Creación del Colegio de Altos Estudios Estratégicos.
El 08 de febrero de 1993, se firma el Decreto Ejecutivo No. 20, en el cual se crea el Comando de Doctrina y Educación Militar (CODEM), para dar cumplimiento al mandato constitucional establecido en el Art. 211 de la Constitución de la República. En este Decreto se hace mención de la existencia del “Curso de Altos Estudios Estratégicos”, como parte del CODEM y el 30 de junio de 1993, mediante Orden General No. 08, inicia formalmente el “Curso de Altos Estudios Estratégicos”, bajo la dependencia de la Escuela de Comando y Estado Mayor “Dr. Manuel Enrique Araujo”, con la misión de “Preparar a funcionarios del Estado, elementos del sector privado y a profesionales civiles y militares, en el estudio, análisis e interpretación de los factores económico, político, psicosocial y militar del país a fin de estar en condiciones de asesorar en la planificación y conducción de la Seguridad y Desarrollo Nacional”.
El proyecto de creación del colegio y el diseño del curso fue entregado por la Comisión a quien en ese entonces era Comandante del Comando de Doctrina y Educación Militar (CODEM), Coronel Humberto Corado Figueroa, quien a la vez, designó al Coronel Oscar Rodolfo Campos Anaya, para ejecutarlo.
La creación y puesta en funcionamiento del Colegio de Altos Estudios Estratégicos (CAEE), se concretizó en el marco del nuevo escenario socio político mundial y nacional caracterizado por el fin de la guerra fría y la firma de los Acuerdos de Paz. Este nuevo entorno propició la oportunidad de fundar un Centro de Estudios Político y Estratégico, patrocinado por el Gobierno y la Fuerza Armada.
Los propósitos que impulsaron la creación del CAEE fueron los siguientes: Fortalecer cualitativamente la preparación integral de los Oficiales Superiores de la Fuerza Armada; Fomentar el análisis serio, sistematizado y ordenado de la realidad salvadoreña en sus diversas expresiones, para contribuir al diseño de políticas y estrategias nacionales; Cooperar con la reconciliación de la sociedad, mediante un intercambio académico de alto nivel, entre civiles y militares.
Con base en los anteriores propósitos y bajo el auspicio del señor Presidente, Lic. Félix Alfredo Cristiani, fue inaugurado en la mañana del 13 de septiembre de 1993, en la ciudad de San Salvador, el Primer Curso de Altos Estudios Estratégicos. Tres años más tarde, el 08 de noviembre de 1996, el señor Presidente de la República, Doctor Armando Calderón Sol, emitió el Decreto Ejecutivo No 110, publicado en el Diario Oficial No. 221, Tomo 333, de fecha 22 de noviembre de 1996, a través del cual se crea el Colegio de Altos Estudios Estratégicos, (CAEE), como elemento integrante del Comando de Doctrina y Educación Militar (CODEM), quedando definida la misión en el Art. 2 de dicho Decreto.
